战争机器的故事发生在一名联盟士兵──马可斯的身上。在监狱服刑四年后被他的朋友多姆拯救出来,并且加入了D小队。长官霍夫曼上校授予D小队的任务是,与A小队的幸存者巴德、柯尔会合,并取得A小队携带的位置共鸣器,这个共鸣器是用来探测地下洞穴并画出兽族地底通道的地图,接着发射光子导弹来摧毁兽族的要塞。D小队后来和A小队会合并得到了这个共鸣器,但途中D小队队员安东尼。卡敏被狙杀而队长金名扬被兰姆大将军一刀刺死。混乱中,他们得到游民的帮助,于是马可斯带领D小队顺利穿过Sera行星的废墟城市,最后乘车来到了一个采矿工厂,并且经由工厂到达了地底深处的矿坑。当外星人从一个词语变成了你眼前看得见摸得着的生物,丛林的动物们可吓坏了。但这个外星人却有些不一样,他有着Q弹可爱的外表,软萌礼貌的性格,还是一个征服地球的新手。不过不同星球,不同立场的他能与丛林的动物们好好相处吗?征服地球的任务又是否会顺利完成?